Секвенирование 242 клинически важных генов в популяции Ивановской области

Сотрудники пяти научных подразделений ФГБУ «НМИЦ ТПМ» Минздрава России: лаборатории молекулярной генетики, лаборатории геномной и медицинской биоинформатики, лаборатории клиномики, лаборатории банк биологического материала и отдела эпидемиологии хронических неинфекционных заболеваний совместно провели работу по секвенированию и анализу 242 клинически важных генов, в основном связанных с сердечно-сосудистыми заболеваниями, в репрезентативной выборке из 1,658 жителей Ивановской области. Примерно 11% из 11,876 обнаруженных вариантов генома не были ранее описаны ни в dbSNP, ни в российской популяции. Большинство предположительно специфичных для исследованной популяции аллелей не достигают частоты выше 0.1-0.2%. Подавляющее большинство (99,3%) вариантов, обнаруженных в этом исследовании в трех и более копиях, наблюдаются в других популяциях.

Были обнаружены два доминантных и семь рецессивных известных болезнетворных вариантов с частотами аллелей, значительно увеличенными по сравнению с таковыми у европейцев из базы данных gnomAD. Из 242 секвенированных нами генов 28 входят в список из 59 хорошо изученных генов, ассоциированных с различными заболеваниями, для которых ACMG рекомендовала сообщать о случайных находках. Основываясь на количестве вариантов, обнаруженных в секвенированном нами подмножестве генов ACMG59, мы оценили распространенность известных или предположительно болезнетворных вариантов в полном наборе генов ACMG59 в Ивановской популяции в 1.4%-2.8%, что соответствует оценкам, полученным ранее в других популяциях.

Специалисты проанализировали доступные клинические данные и наблюдали неполную пенетрантность известных патогенных вариантов в 28 генах ACMG59: только один человек из 12 с такими вариантами проявил фенотип, наиболее вероятно связанный с этим вариантом. При рассмотрении вместе известных болезнетворных или предположительно болезнетворных укорачивающих белок вариантов общая частота подтвержденных фенотипов составила около 19%, с максимумом в новых укорачивающих белок вариантах. В данной работе также описаны три новых укорачивающих белок варианта в гене APOB и один в гене MYH7, наблюдаемые у лиц с гипобеталипопротеинемией и гипертрофической кардиомиопатией. Полученные результаты весьма важны для клинической интерпретации секвенирования генов в России и других популяциях.

Источник